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FXgenのインストール(Ubuntu16.04 64bit)

理研のソフトウェアFXgenをUbuntuにインストールした。 とはいえ、すでに実行ファイルが配布されているので特に難しくはない。2つほど動的ライブラリが見つからないと怒られたので、下記で対応した。cd /usr/lib/x86_64-linux-gnu/ sudo ln -s ./libnotify.s…

静的ライブラリのコンパイルエラーの一例

(自分の中では)大規模な数値解析用プログラムを作成しており、静的ライブラリを複数作ってコンパイルする必要にかられている。 下記のリンクの問題を知らず、数時間ずっと悩んでいた。リンクの順番にも依存関係あるのね。静的ライブラリのリンク時にundefi…

Rでよく使うfunctionまとめ

よく忘れるので、完全に自分のためのメモを作成する。 クリップボードからデータのコピー x=read.delim("clipboard") 散布図のプロット plot(x,xlim=c(),ylim=c(),col="black",pch=2) ピアソンの相関係数の計算 cor.test(x$dataname,x$dataname2,method="p")…

gitのcommitエディタをvimに変更

情けないことにこれを調べずいつも戸惑っていた。 hikm.hatenablog.com 忘れないようリンク残します。

CentOS5.4 or 5.7へのgcc-4.8をインストール

やむを得ない事情で2016年現在でもcentOS5を使用しないといけない場合、 gccのバージョンが古すぎるためにコードのコンパイルができなかったり、 ソフトウェアのインストールができなかったりということが多々ある。 対応方法だが、下記のサイトに従うことで…

C++からfortran呼び出し方法 

爆速かつ可読性のよいコード作成のため、表題の内容に手を出した。自分の専門性を見失っている気がする。 基本的には下記を参考にすればよい。 kazuki-nagasawa.hatenablog.comで、C++の場合は、プロトタイプ宣言を下記のようにCでexternしてやる必要がある…

vtkDataの全てがここにある

開発元が大量にサンプルを出していることに今気づいた。なぜおれはこんなにも無駄な時間を…VTK Datasets - KitwarePublic

paraviewによる並列計算結果の一括可視化フォーマット

しばらく前から探していた、並列計算結果のparaviewでの出力フォーマットを発見した。 これを以前のhdf5と組み合わせれば、たいていの結果の可視化には耐えうるのでは。 Generating vtu and pvtu files -- CFD Online Discussion Forums

"Vmware上"のUbuntu14.04へのopenmpi-1.10.2のインストール

こんなもん、普通にソースコード落としてきて、解凍→./configure→make→make installで終わりだろうと思っていた時代が…僕にもありました…。 Vmware上で作業するときは、解凍場所をWindowsとの共有フォルダにしていたらシンボリックリンクが張れないのですね……

Sublime text3でLatex

今時Latexかよ、wordでいいじゃんと、言いたい奴には言わせておけばよい。 数理系ではまだまだ現役だし、適切なテンプレートがあれば入力は非常にはかどる。とはいえ、以前のエントリでも記入した通り、作業環境の構築が地味にめんどい。 どーしたものかと悩…

vtkファイルフォーマット(バイナリ形式)

バイナリ形式によるvtkファイルのフォーマットがやっとわかったので書き留めておく。 意外と日本語で解説している人、いないのよね…。 また、日本語サイトでちらほら見つかるアスキー形式のvtkファイルも、ほぼ全てがレガシーなフォーマット(.vtk)の解説にな…

C/C++用語集

これまでにググったC/C++の用語をまとめておく。 ふわっと意味が分かっている単語もそれが大量に羅列されるとストレスがたまるので、そこそこ簡単なものも節操なく書く。c++の絵本読めばわかるレベル。 メンバ関数・変数 構造体やクラス内で定義された関数や…

netcdf-4.4.0のインストール(Ubuntu14.04)

データ管理用フォーマットとして名高いnetcdfをインストールした。 ソースコードをダウンロードしてきて、./configure --prefix=/home/hoge/netcdf-4.4.0 make make installで終了。なぜかhelpを見てもhdf5との依存関係の設定方法が書いてなかった。後はc++…

Paraviewによる成分からのベクトルの可視化

ちょっと調べたらすぐ見つかったのでメモ。成分からベクトル作成 - Mesh Wiki便利な世の中ですね。これでFFV-Cはかなり使いこなせつつある。

vmware-toolsとopen-vm-toolsの共依存関係:Ubuntu14.04の場合

最近のVmwareにおいて、Linuxの仮想環境ではVmwareが提供するvmware-toolsではなく、Linux側が提供するopen-vm-toolsの使用を推奨しているはず。 ただし、open-vm-toolsのみをインストールしても共有フォルダが有効化できない。 vmhgfsが通常の設定では起動…

Sublime text 3のインストール(ubuntu14.04, Windows8.1)

vimにそろそろ限界を感じてきたので、Sublime text3に変更を試みた。 vimに特に大きな不満があるわけでないし、サーバでの作業も簡単にできる点で非常にありがたいけど、 だからといってvimの変態的なカスタマイズを突き詰めるよりは、もっとモダンなエディ…

ubuntu14.04へのFFV-Cのインストール

ボクセルベースの流体解析は理研がもう十年くらい頑張って開発しており、その最新版がこれらしい。 FFV-C package by avr-aics-riken なかなか便利そうだし、まだメンテナンスもされていそうなので、期待して使用を試みた。前準備として、 sudo apt-get inst…

openFOAMの解析結果処理:閾値で指定した領域体積の時系列データ取得

タイトルの操作はopenFOAMに実装されているfunctionでは無理そうで、paraviewによる代替案を記録しておく。・paraFOAMを起動・thretholdで適当な物理量による閾値処理・filtersからintegrateVariablesを選択あとはfileからsave dataを選択して、全時間の出力…

dokuwikiをローカル環境で使用:特定のグループ内でのみ共有

様々な文書を全てwordで管理することに限界を感じ、 文書を一元管理できるwikiの構築を数か月前から検討していていた。 wordの数式はmath typeを導入したことによりlatex形式に変換できるため、 latexが使用できるwikiならば何の問題もないと考えた。で、そ…

Vmware Workstation 12 playerへのupgrade

自分が如何に情弱かということだが... ずいぶん前からvmware playerの更新はストップし、vmware workstationに一本化されたらしい。vmware workstationの無償版の形でplayerが存在するので、そちらにupgradeした。 まあ、使い心地は大して変わらない。 もっ…

R studioを用いた箱ひげ線図の描画

ばらつきのあるデータの可視化技法として、箱ひげ線図は非常に魅力的なんだけども、 Excelでぱっと書けるかと言われるとそうでもない。 お手軽なのはR stduioであろう。忘備録としてコマンドとreferenceをまとめておく。別にexcel等でまとめられたデータ群が…

Para-view(or Visit)によるpolylineデータ可視化のためのXDMFファイル(.xmf)の作成(HDF5)

polylineデータ可視化のためのXDMFファイルを作成した。 以前紹介したサンプルデータよりもシンプルに書ける。vtkフォーマットと作成の労力は全く変わらないと思う。下記では2点で構成されているline要素を4つ表示する。 <Xdmf Version="2.0"> <Domain> <Grid Name="Lines" Type="Uniform"> <Topology TopologyType="Polyline" NumberOfElements="4"> </topology></grid></domain></xdmf>

Text Parserのインストール

VCAD関連のソフトウェアの件でちょっとガッカリ感が否めなかった理研のフリーソフト群だが、面白そうなものを見つけた。 利用者向け公開ソフト | 理化学研究所 計算科学研究機構(AICS)ちゃんと今年も保守作業をしている。これは期待できるか。地味に便利そう…

2015年11月におけるAWSでのリージョン変更

AWS

アメリカで使用していたAWSのインスタンスを日本で使おうと思うと、sshが非常に重くてデータの通信に相当な時間を消費する。原因はインスタンスのリージョンをアメリカにしているからで、物理的に遠いのだから仕方ない。リージョンを東京に変更すればマシに…

FileZillaでの同時並列転送処理

恥ずかしながら、知らなかった…。FileZillaにてファイル転送を高速にする方法 | バシャログ。 | 横浜でWeb制作を行うシーブレインスタッフによる技術情報ブログしかし同時にこんな処理やると、それぞれのファイルの転送効率が落ちるのでは…?

openFOAM-2.3.1における結果出力の際の圧縮の是非

もう時代はopenFOAM-3なので、書いたところで誰も得しないが…。controldictで出力するファイルをtar.gz形式で圧縮するか選べる。ストレージの圧縮を最低限に抑えるため使用していた。本日、これを使うとmapfieldsなどのオプションでまともに読み込めず、間違…

ディレクトリのtar.gzへの圧縮

表題について、重要だけど頻繁に忘れるのでメモ。tar -czvf hogehoge.tar.gz hogehoge以上。解凍は迷ったら-xfで何とかなる。ググったらわかるけど面倒なので。

openFOAMってそこまで便利か?

タダより高いものはない。非構造格子でのメッシュ作成を必要とする実用的な問題が解きたい場合、商用ソフトのほうが絶対に良い。使用するまでにかかる時間やメッシュ作成・修正の手間を考えると、ちょっと必要な時間のロスが大きすぎる。使い方を一通り覚え…

FunkySetFieldsによるcell zone全体への値の設定方法

openFOAMで使用するメッシュの一部をcell zoneとして陽に定義しておけば、後からcell zone内の変数の値を一括で変更することができる。 これはスカラーの移流拡散やVOFを用いた計算の初期値の設定の際などに応用がきく。ただ、この文法がいまいちよくわから…

Vsphere-1.7.8 (VCAD)のインストール

Vsphereと言えば、vmwareが出してるソフトウェアの一つだけれども、実は同名のソフトウェアを理研が公開している(要登録)。 VCAD システム研究プログラム純国産コードのみでのCAEの統合開発環境の構築を試みたVCADシステム、その中核を担うソフトウェアだ…

openmpi-1.10.1のインストール

openmpiの最新版が二日前にリリースされていたので、ローカル環境にインストールを行った。 tar.gzファイルを落として解凍し、 ./configure --prefix=$HOME/openmpi-1.10.1 make make install で終了。.bashrcに export PATH=$HOME/openmpi-1.10.1/bin:$PATH…

C++によるHDF5からの入力

日曜日の全てをかけてHDF5とXDMFの使い方を調べてきたが、これでやっと一段落だろうか。 C++によるHDF5からのデータの入力方法について、公式サイトのsampleがこちら。HDF5 C++ API: readdata.cppいろいろとsampleとしての処理を行っているためか、ぱっと見…

C++によるHDF5への出力

HDF5のC++での使い方は下記にまとめられている。 HDF5 C++ API: Main Page かなりわかりにくいけど、一応下記を見れば全てわかるのだろう、わかる人には。今の私には時間がかかりすぎるのでパス。 とにかく他のサンプルコードも見て、わかったこと。 HDF5へ…

XDMFによる時系列データの可視化

XDMFファイルでは時系列データの可視化手順について2つのオプションがある。1.VTK同様、XDMFを連番で出力する(ex. hogehoge_0000.xmf, hogehoge_0001.xmf...)2 一つのXDMFファイルにまとめる。 全ての時刻歴のデータを一つのXDMFファイルに書き込まないと…

Para-view(or Visit)による非構造格子の可視化のためのXDMFファイル(.xmf)の作成

任意の非構造格子の可視化ファイルを下記に示す。 [visit-users] using hdf5 files with visit (XDMF help) ここで提供されているサンプルのうち一つに変数を付け加えただけである。可視化に最低限必要な情報は節点数、要素数、節点座標、各要素が持つ節点の…

HDF5によるデータ管理およびXDMFの併用による可視化

ここを見ればだいたいわかると思うが、長いし読むのが面倒。 XDMF Model and Format - XdmfWeb だがかなり自由度が高いことはわかった。 arbitary unstructured meshとかもある。このへんvtkフォーマットより融通がきく。 hdf5との連携も含め、下記サイトに…

簡単なHDF5ファイルの作成(C/C++)と可視化(Para-view or Visit)

HDF5のサンプルコードを見つけた。 Using XDMF to read HDF5 - VisItusers.org 上では二次元構造要素のデータ(HDF5形式)と、XML形式で書かれたXDMFファイルを出力する。XDMFファイルにより、フリーの可視化ソフトであるpara-viewもしくはViSITでHDF5の中身…

HDF5のインストール手順(暫定版)

時系列データの管理手段として用いられるC++ライブラリであるHDF5の導入を検討してみた。 予想以上に面倒で驚く。ググると日本語のサイトも見つかるし、もっとパッケージ化されて簡単に使えるかと思いきや、そんなこともなかったらしい。ソースからコンパイ…

open-FOAM2.3.1へのswak4Foamのインストール(Ubuntu14.04)

ググれば一瞬でわかるとはいえ、環境が変わるたびに毎回検索するのが面倒になったのでまとめておく。 subversionのインストール sudo apt-get install svn インストールディレクトリの設定 mkdir $WM_PROJECT_USER_DIR/Libraries 移動 cd $WM_PROJECT_USER_D…

機械系エンジニアのための数値計算用ライブラリ考察(c++)

昨今の機械系エンジニアリングの舞台で、自分でわざわざコードを書くのは車輪の再開発で終わる事例が非常に多く、商用ソルバーを使用するほうがはるかに効率的である。 とはいえ予算の問題もある。数値計算手法や内部の物理は、自前でコードを書いて計算して…

AWSの設定の暫定まとめ

AWS

計算機を安価で貸し出してくれるAWSのサービスについて、 操作方法を別途ググって調べることに面倒を覚えたので、 自分が今後も使用すると思われる内容、およびウェブサイトのリンクを 順次まとめておく。 ・コマンドラインからの接続 毎回コマンドを打つの…

プログラミング言語RおよびR studioの使用

種々の統計解析について、特に医学系ではRの使用が 完全にスタンダードとなりつつある。試しに少しだけ触ってみた…が、 正直なところ言語としての簡便さや使い勝手はpythonに劣る。 vimやemacsなどの単純なエディタでプログラミングを行う上では、 特に大き…

Latexのエディタ(備忘録)

そこそこ書きかけの論文で、あとちょっとで共著の先生方に見せられそうだし、 ここらで目標のジャーナルの投稿規程でも確認してフォーマット直すかなーと思い、 確認してみたらまさかのWordじゃなくてLatex推奨になっていた件。 一応WordでもAcceptedって書…

続・wordで数式 決定版

いつまでたっても、Latex使わずにwordで頑張って数式書いてます。 ただ、数式の数が100を超えるとかなりファイルが重くなり、メモリ16GBのPCでもフリーズすることがしばしば。もう使ってられないので最後の手段に出ました。 課金しました。 Design Science: …

glfw3インストールとコンパイル(Ubuntu14.04)

ググった限り、OpenGLを使用する際の決定版となるライブラリはglutからglfwに変わったらしい。使ってみたい。 環境設定として、ubuntu14.04にインストールしてサンプルコードをコンパイルするところまで行う。サンプルのコンパイルにはcmakeを使ったほうが長…

Vascular Modeling ToolKit (VMTK)

医用画像からの血管形状の三次元構築に特化した?オープンソースのライブラリでVascular modeling Toolkit http://www.vmtk.org/ なるものがあるのですが、日本語でこれに言及したblog等々をほとんど見ないのが不思議なところです。論文とかを見る限り、この…

Ubuntu14.04へのCPD(Coherent Point Drift)ライブラリのインストール

こちらの仕事でComputer visionやらパターン認識の世界でおなじみのPoint set registration - Wikipedia, the free encyclopedia、特に非剛体レジストレーションを取得する必要に迫られていますが、なかなか良い教科書が見つからず困っているところです。 二…

本ブログのモチベーション:数式に飢えた

わたくしごくごく普通の工学(機械)系の院生ですが、何の因果か、海外の専門外の部局で数か月くらい働くことになりました。ていうか現在進行形です。ありがたいことですね。 やってることは楽しいので問題ないのですが、これまでやってた数式に触れる機会が…

FEMの構造解析の日本語の教科書が見つからない件

タイトルの通りなんですけど、ほとんど見つかりません。 いや、そういう名前の本はたくさんあるけど、実際にコーディングする人間を対象にしているものがほぼ無い状況。これ地味に危機的状況では…なんていうか教育的に…。まず、たいていの初心者向けの本だと…

流体解析(2)

一致解法としては、PSPG法とか、ほぼ同じだけどLeast-square法とかがありますが、まともにそれらが書いてある教科書は続・有限要素法による流れのシミュレーション作者: 日本計算工学会流れの有限要素法研究委員会出版社/メーカー: シュプリンガージャパン発…