自分が如何に情弱かということだが... ずいぶん前からvmware playerの更新はストップし、vmware workstationに一本化されたらしい。vmware workstationの無償版の形でplayerが存在するので、そちらにupgradeした。 まあ、使い心地は大して変わらない。 もっ…

ばらつきのあるデータの可視化技法として、箱ひげ線図は非常に魅力的なんだけども、 Excelでぱっと書けるかと言われるとそうでもない。 お手軽なのはR stduioであろう。忘備録としてコマンドとreferenceをまとめておく。別にexcel等でまとめられたデータ群が…

polylineデータ可視化のためのXDMFファイルを作成した。 以前紹介したサンプルデータよりもシンプルに書ける。vtkフォーマットと作成の労力は全く変わらないと思う。下記では2点で構成されているline要素を4つ表示する。 <Xdmf Version="2.0"> <Domain> <Grid Name="Lines" Type="Uniform"> <Topology TopologyType="Polyline" NumberOfElements="4"> </topology></grid></domain></xdmf>

VCAD関連のソフトウェアの件でちょっとガッカリ感が否めなかった理研のフリーソフト群だが、面白そうなものを見つけた。 利用者向け公開ソフト | 理化学研究所 計算科学研究機構(AICS)ちゃんと今年も保守作業をしている。これは期待できるか。地味に便利そう…

アメリカで使用していたAWSのインスタンスを日本で使おうと思うと、sshが非常に重くてデータの通信に相当な時間を消費する。原因はインスタンスのリージョンをアメリカにしているからで、物理的に遠いのだから仕方ない。リージョンを東京に変更すればマシに…

恥ずかしながら、知らなかった…。FileZillaにてファイル転送を高速にする方法 | バシャログ。 | 横浜でWeb制作を行うシーブレインスタッフによる技術情報ブログしかし同時にこんな処理やると、それぞれのファイルの転送効率が落ちるのでは…？

もう時代はopenFOAM-3なので、書いたところで誰も得しないが…。controldictで出力するファイルをtar.gz形式で圧縮するか選べる。ストレージの圧縮を最低限に抑えるため使用していた。本日、これを使うとmapfieldsなどのオプションでまともに読み込めず、間違…

表題について、重要だけど頻繁に忘れるのでメモ。tar -czvf hogehoge.tar.gz hogehoge以上。解凍は迷ったら-xfで何とかなる。ググったらわかるけど面倒なので。

タダより高いものはない。非構造格子でのメッシュ作成を必要とする実用的な問題が解きたい場合、商用ソフトのほうが絶対に良い。使用するまでにかかる時間やメッシュ作成・修正の手間を考えると、ちょっと必要な時間のロスが大きすぎる。使い方を一通り覚え…

openFOAMで使用するメッシュの一部をcell zoneとして陽に定義しておけば、後からcell zone内の変数の値を一括で変更することができる。 これはスカラーの移流拡散やVOFを用いた計算の初期値の設定の際などに応用がきく。ただ、この文法がいまいちよくわから…

Vsphereと言えば、vmwareが出してるソフトウェアの一つだけれども、実は同名のソフトウェアを理研が公開している（要登録）。 VCAD システム研究プログラム純国産コードのみでのCAEの統合開発環境の構築を試みたVCADシステム、その中核を担うソフトウェアだ…

openmpiの最新版が二日前にリリースされていたので、ローカル環境にインストールを行った。 tar.gzファイルを落として解凍し、 ./configure --prefix=$HOME/openmpi-1.10.1 make make install で終了。.bashrcに export PATH=$HOME/openmpi-1.10.1/bin:$PATH…

日曜日の全てをかけてHDF5とXDMFの使い方を調べてきたが、これでやっと一段落だろうか。 C++によるHDF5からのデータの入力方法について、公式サイトのsampleがこちら。HDF5 C++ API: readdata.cppいろいろとsampleとしての処理を行っているためか、ぱっと見…

HDF5のC++での使い方は下記にまとめられている。 HDF5 C++ API: Main Page かなりわかりにくいけど、一応下記を見れば全てわかるのだろう、わかる人には。今の私には時間がかかりすぎるのでパス。 とにかく他のサンプルコードも見て、わかったこと。 HDF5へ…

XDMFファイルでは時系列データの可視化手順について2つのオプションがある。1.VTK同様、XDMFを連番で出力する（ex. hogehoge_0000.xmf, hogehoge_0001.xmf...）2 一つのXDMFファイルにまとめる。 全ての時刻歴のデータを一つのXDMFファイルに書き込まないと…

任意の非構造格子の可視化ファイルを下記に示す。 [visit-users] using hdf5 files with visit (XDMF help) ここで提供されているサンプルのうち一つに変数を付け加えただけである。可視化に最低限必要な情報は節点数、要素数、節点座標、各要素が持つ節点の…

ここを見ればだいたいわかると思うが、長いし読むのが面倒。 XDMF Model and Format - XdmfWeb だがかなり自由度が高いことはわかった。 arbitary unstructured meshとかもある。このへんvtkフォーマットより融通がきく。 hdf5との連携も含め、下記サイトに…

HDF5のサンプルコードを見つけた。 Using XDMF to read HDF5 - VisItusers.org 上では二次元構造要素のデータ（HDF5形式）と、XML形式で書かれたXDMFファイルを出力する。XDMFファイルにより、フリーの可視化ソフトであるpara-viewもしくはViSITでHDF5の中身…

時系列データの管理手段として用いられるC++ライブラリであるHDF5の導入を検討してみた。 予想以上に面倒で驚く。ググると日本語のサイトも見つかるし、もっとパッケージ化されて簡単に使えるかと思いきや、そんなこともなかったらしい。ソースからコンパイ…

ググれば一瞬でわかるとはいえ、環境が変わるたびに毎回検索するのが面倒になったのでまとめておく。 subversionのインストール sudo apt-get install svn インストールディレクトリの設定 mkdir $WM_PROJECT_USER_DIR/Libraries 移動 cd $WM_PROJECT_USER_D…

2016/2/26追記 これまでの自身の低レベルな計算環境を払拭するためだけに、このような駄文を数か月前に書いた。上でこう言っているものの、スパコンでの計算効率を求めるならfortran90は良い選択肢の一つであるし、とにかく演算効率を求めるならばfortranは…

計算機を安価で貸し出してくれるAWSのサービスについて、 操作方法を別途ググって調べることに面倒を覚えたので、 自分が今後も使用すると思われる内容、およびウェブサイトのリンクを 順次まとめておく。 ・コマンドラインからの接続 毎回コマンドを打つの…

種々の統計解析について、特に医学系ではRの使用が 完全にスタンダードとなりつつある。試しに少しだけ触ってみた…が、 正直なところ言語としての簡便さや使い勝手はpythonに劣る。 vimやemacsなどの単純なエディタでプログラミングを行う上では、 特に大き…

そこそこ書きかけの論文で、あとちょっとで共著の先生方に見せられそうだし、 ここらで目標のジャーナルの投稿規程でも確認してフォーマット直すかなーと思い、 確認してみたらまさかのWordじゃなくてLatex推奨になっていた件。 一応WordでもAcceptedって書…

いつまでたっても、Latex使わずにwordで頑張って数式書いてます。 ただ、数式の数が100を超えるとかなりファイルが重くなり、メモリ16GBのPCでもフリーズすることがしばしば。もう使ってられないので最後の手段に出ました。 課金しました。 Design Science: …

ググった限り、OpenGLを使用する際の決定版となるライブラリはglutからglfwに変わったらしい。使ってみたい。 環境設定として、ubuntu14.04にインストールしてサンプルコードをコンパイルするところまで行う。サンプルのコンパイルにはcmakeを使ったほうが長…

医用画像からの血管形状の三次元構築に特化した？オープンソースのライブラリでVascular modeling Toolkit http://www.vmtk.org/ なるものがあるのですが、日本語でこれに言及したblog等々をほとんど見ないのが不思議なところです。論文とかを見る限り、この…

こちらの仕事でComputer visionやらパターン認識の世界でおなじみのPoint set registration - Wikipedia, the free encyclopedia、特に非剛体レジストレーションを取得する必要に迫られていますが、なかなか良い教科書が見つからず困っているところです。 二…

わたくしごくごく普通の工学（機械）系の院生ですが、何の因果か、海外の専門外の部局で数か月くらい働くことになりました。ていうか現在進行形です。ありがたいことですね。 やってることは楽しいので問題ないのですが、これまでやってた数式に触れる機会が…