2016-01-01から1年間の記事一覧

Rでよく使うfunctionまとめ

よく忘れるので、完全に自分のためのメモを作成する。 クリップボードからデータのコピー x=read.delim("clipboard") 散布図のプロット plot(x,xlim=c(),ylim=c(),col="black",pch=2) ピアソンの相関係数の計算 cor.test(x$dataname,x$dataname2,method="p")…

gitのcommitエディタをvimに変更

情けないことにこれを調べずいつも戸惑っていた。 hikm.hatenablog.com 忘れないようリンク残します。

CentOS5.4 or 5.7へのgcc-4.8をインストール

やむを得ない事情で2016年現在でもcentOS5を使用しないといけない場合、 gccのバージョンが古すぎるためにコードのコンパイルができなかったり、 ソフトウェアのインストールができなかったりということが多々ある。 対応方法だが、下記のサイトに従うことで…

C++からfortran呼び出し方法 

爆速かつ可読性のよいコード作成のため、表題の内容に手を出した。自分の専門性を見失っている気がする。 基本的には下記を参考にすればよい。 kazuki-nagasawa.hatenablog.comで、C++の場合は、プロトタイプ宣言を下記のようにCでexternしてやる必要がある…

vtkDataの全てがここにある

開発元が大量にサンプルを出していることに今気づいた。なぜおれはこんなにも無駄な時間を…VTK Datasets - KitwarePublic

paraviewによる並列計算結果の一括可視化フォーマット

しばらく前から探していた、並列計算結果のparaviewでの出力フォーマットを発見した。 これを以前のhdf5と組み合わせれば、たいていの結果の可視化には耐えうるのでは。 Generating vtu and pvtu files -- CFD Online Discussion Forums

"Vmware上"のUbuntu14.04へのopenmpi-1.10.2のインストール

こんなもん、普通にソースコード落としてきて、解凍→./configure→make→make installで終わりだろうと思っていた時代が…僕にもありました…。 Vmware上で作業するときは、解凍場所をWindowsとの共有フォルダにしていたらシンボリックリンクが張れないのですね……

Sublime text3でLatex

今時Latexかよ、wordでいいじゃんと、言いたい奴には言わせておけばよい。 数理系ではまだまだ現役だし、適切なテンプレートがあれば入力は非常にはかどる。とはいえ、以前のエントリでも記入した通り、作業環境の構築が地味にめんどい。 どーしたものかと悩…

vtkファイルフォーマット(バイナリ形式)

バイナリ形式によるvtkファイルのフォーマットがやっとわかったので書き留めておく。 意外と日本語で解説している人、いないのよね…。 また、日本語サイトでちらほら見つかるアスキー形式のvtkファイルも、ほぼ全てがレガシーなフォーマット(.vtk)の解説にな…

netcdf-4.4.0のインストール(Ubuntu14.04)

データ管理用フォーマットとして名高いnetcdfをインストールした。 ソースコードをダウンロードしてきて、./configure --prefix=/home/hoge/netcdf-4.4.0 make make installで終了。なぜかhelpを見てもhdf5との依存関係の設定方法が書いてなかった。後はc++…

Paraviewによる成分からのベクトルの可視化

ちょっと調べたらすぐ見つかったのでメモ。成分からベクトル作成 - Mesh Wiki便利な世の中ですね。これでFFV-Cはかなり使いこなせつつある。

vmware-toolsとopen-vm-toolsの共依存関係:Ubuntu14.04の場合

最近のVmwareにおいて、Linuxの仮想環境ではVmwareが提供するvmware-toolsではなく、Linux側が提供するopen-vm-toolsの使用を推奨しているはず。 ただし、open-vm-toolsのみをインストールしても共有フォルダが有効化できない。 vmhgfsが通常の設定では起動…

Sublime text 3のインストール(ubuntu14.04, Windows8.1)

vimにそろそろ限界を感じてきたので、Sublime text3に変更を試みた。 vimに特に大きな不満があるわけでないし、サーバでの作業も簡単にできる点で非常にありがたいけど、 だからといってvimの変態的なカスタマイズを突き詰めるよりは、もっとモダンなエディ…

ubuntu14.04へのFFV-Cのインストール

ボクセルベースの流体解析は理研がもう十年くらい頑張って開発しており、その最新版がこれらしい。 FFV-C package by avr-aics-riken なかなか便利そうだし、まだメンテナンスもされていそうなので、期待して使用を試みた。前準備として、 sudo apt-get inst…

openFOAMの解析結果処理:閾値で指定した領域体積の時系列データ取得

タイトルの操作はopenFOAMに実装されているfunctionでは無理そうで、paraviewによる代替案を記録しておく。・paraFOAMを起動・thretholdで適当な物理量による閾値処理・filtersからintegrateVariablesを選択あとはfileからsave dataを選択して、全時間の出力…

dokuwikiをローカル環境で使用:特定のグループ内でのみ共有

様々な文書を全てwordで管理することに限界を感じ、 文書を一元管理できるwikiの構築を数か月前から検討していていた。 wordの数式はmath typeを導入したことによりlatex形式に変換できるため、 latexが使用できるwikiならば何の問題もないと考えた。で、そ…