ライブラリ

vtkDataの全てがここにある

開発元が大量にサンプルを出していることに今気づいた。なぜおれはこんなにも無駄な時間を…VTK Datasets - KitwarePublic

paraviewによる並列計算結果の一括可視化フォーマット

しばらく前から探していた、並列計算結果のparaviewでの出力フォーマットを発見した。 これを以前のhdf5と組み合わせれば、たいていの結果の可視化には耐えうるのでは。 Generating vtu and pvtu files -- CFD Online Discussion Forums

"Vmware上"のUbuntu14.04へのopenmpi-1.10.2のインストール

こんなもん、普通にソースコード落としてきて、解凍→./configure→make→make installで終わりだろうと思っていた時代が…僕にもありました…。 Vmware上で作業するときは、解凍場所をWindowsとの共有フォルダにしていたらシンボリックリンクが張れないのですね……

Para-view(or Visit)によるpolylineデータ可視化のためのXDMFファイル(.xmf)の作成(HDF5)

polylineデータ可視化のためのXDMFファイルを作成した。 以前紹介したサンプルデータよりもシンプルに書ける。vtkフォーマットと作成の労力は全く変わらないと思う。下記では2点で構成されているline要素を4つ表示する。 <Xdmf Version="2.0"> <Domain> <Grid Name="Lines" Type="Uniform"> <Topology TopologyType="Polyline" NumberOfElements="4"> </topology></grid></domain></xdmf>

Text Parserのインストール

VCAD関連のソフトウェアの件でちょっとガッカリ感が否めなかった理研のフリーソフト群だが、面白そうなものを見つけた。 利用者向け公開ソフト | 理化学研究所 計算科学研究機構(AICS)ちゃんと今年も保守作業をしている。これは期待できるか。地味に便利そう…

openFOAMってそこまで便利か?

タダより高いものはない。非構造格子でのメッシュ作成を必要とする実用的な問題が解きたい場合、商用ソフトのほうが絶対に良い。使用するまでにかかる時間やメッシュ作成・修正の手間を考えると、ちょっと必要な時間のロスが大きすぎる。使い方を一通り覚え…

FunkySetFieldsによるcell zone全体への値の設定方法

openFOAMで使用するメッシュの一部をcell zoneとして陽に定義しておけば、後からcell zone内の変数の値を一括で変更することができる。 これはスカラーの移流拡散やVOFを用いた計算の初期値の設定の際などに応用がきく。ただ、この文法がいまいちよくわから…

Vsphere-1.7.8 (VCAD)のインストール

Vsphereと言えば、vmwareが出してるソフトウェアの一つだけれども、実は同名のソフトウェアを理研が公開している(要登録)。 VCAD システム研究プログラム純国産コードのみでのCAEの統合開発環境の構築を試みたVCADシステム、その中核を担うソフトウェアだ…

openmpi-1.10.1のインストール

openmpiの最新版が二日前にリリースされていたので、ローカル環境にインストールを行った。 tar.gzファイルを落として解凍し、 ./configure --prefix=$HOME/openmpi-1.10.1 make make install で終了。.bashrcに export PATH=$HOME/openmpi-1.10.1/bin:$PATH…

C++によるHDF5からの入力

日曜日の全てをかけてHDF5とXDMFの使い方を調べてきたが、これでやっと一段落だろうか。 C++によるHDF5からのデータの入力方法について、公式サイトのsampleがこちら。HDF5 C++ API: readdata.cppいろいろとsampleとしての処理を行っているためか、ぱっと見…

C++によるHDF5への出力

HDF5のC++での使い方は下記にまとめられている。 HDF5 C++ API: Main Page かなりわかりにくいけど、一応下記を見れば全てわかるのだろう、わかる人には。今の私には時間がかかりすぎるのでパス。 とにかく他のサンプルコードも見て、わかったこと。 HDF5へ…

XDMFによる時系列データの可視化

XDMFファイルでは時系列データの可視化手順について2つのオプションがある。1.VTK同様、XDMFを連番で出力する(ex. hogehoge_0000.xmf, hogehoge_0001.xmf...)2 一つのXDMFファイルにまとめる。 全ての時刻歴のデータを一つのXDMFファイルに書き込まないと…

Para-view(or Visit)による非構造格子の可視化のためのXDMFファイル(.xmf)の作成

任意の非構造格子の可視化ファイルを下記に示す。 [visit-users] using hdf5 files with visit (XDMF help) ここで提供されているサンプルのうち一つに変数を付け加えただけである。可視化に最低限必要な情報は節点数、要素数、節点座標、各要素が持つ節点の…

HDF5によるデータ管理およびXDMFの併用による可視化

ここを見ればだいたいわかると思うが、長いし読むのが面倒。 XDMF Model and Format - XdmfWeb だがかなり自由度が高いことはわかった。 arbitary unstructured meshとかもある。このへんvtkフォーマットより融通がきく。 hdf5との連携も含め、下記サイトに…

簡単なHDF5ファイルの作成(C/C++)と可視化(Para-view or Visit)

HDF5のサンプルコードを見つけた。 Using XDMF to read HDF5 - VisItusers.org 上では二次元構造要素のデータ(HDF5形式)と、XML形式で書かれたXDMFファイルを出力する。XDMFファイルにより、フリーの可視化ソフトであるpara-viewもしくはViSITでHDF5の中身…

HDF5のインストール手順(暫定版)

時系列データの管理手段として用いられるC++ライブラリであるHDF5の導入を検討してみた。 予想以上に面倒で驚く。ググると日本語のサイトも見つかるし、もっとパッケージ化されて簡単に使えるかと思いきや、そんなこともなかったらしい。ソースからコンパイ…

open-FOAM2.3.1へのswak4Foamのインストール(Ubuntu14.04)

ググれば一瞬でわかるとはいえ、環境が変わるたびに毎回検索するのが面倒になったのでまとめておく。 subversionのインストール sudo apt-get install svn インストールディレクトリの設定 mkdir $WM_PROJECT_USER_DIR/Libraries 移動 cd $WM_PROJECT_USER_D…

glfw3インストールとコンパイル(Ubuntu14.04)

ググった限り、OpenGLを使用する際の決定版となるライブラリはglutからglfwに変わったらしい。使ってみたい。 環境設定として、ubuntu14.04にインストールしてサンプルコードをコンパイルするところまで行う。サンプルのコンパイルにはcmakeを使ったほうが長…

Vascular Modeling ToolKit (VMTK)

医用画像からの血管形状の三次元構築に特化した?オープンソースのライブラリでVascular modeling Toolkit http://www.vmtk.org/ なるものがあるのですが、日本語でこれに言及したblog等々をほとんど見ないのが不思議なところです。論文とかを見る限り、この…

Ubuntu14.04へのCPD(Coherent Point Drift)ライブラリのインストール

こちらの仕事でComputer visionやらパターン認識の世界でおなじみのPoint set registration - Wikipedia, the free encyclopedia、特に非剛体レジストレーションを取得する必要に迫られていますが、なかなか良い教科書が見つからず困っているところです。 二…