<?xml version="1.0"?>
<VTKFile type="ImageData" version="1.0" byte_order="LittleEndian" header_type="UInt64">
  <ImageData WholeExtent= "Xmin Xmax Ymin Ymax Zmin Zmax" Origin= "x0 y0 z0" Spacing= "dx dy dz">
    <Piece Extent= "Pxmin Pxmax Pymin Pymax Pzmin Pzmax" > 
      <PointData>
      </PointData>
      <CellData Scalars="Scalar">
        <DataArray type="Float32" Name="Scalar" format="appended" RangeMin="minValue" RangeMax="maxValue" offset="0">
        </DataArray>
      </CellData>
    </Piece>
  </ImageData>
  <AppendedData encoding="raw">

    _NNNN(Data(Binary))

  </AppendedData>
</VTKFile>

ヘッダ部の変数は直観的にだいたい想像がつくので解説は割愛。
これは画像だが直交格子を使った計算などならこれでも対応できると思われる。

可視化したいデータをAppendedとして、最後にまとめて貼り付ければいいのでコーディングも割と楽だと思う。

ただ、注意として、
・データの頭に必ずアンダーバー(_)を配置しないといけないこと
・8バイト(もしくは4)のint型で、dataの総バイト数を記述すること（下記NNNN）4か8かは二行目のheader_typeに依存。UInt64なら8.
を忘れてはならない。encodingをrawとしているためこれは必須。

上記サイトにも注意があるかもしれないが、おそらく見落としていた。
偶然見つけた下記がなければまだ悩んでいたと思われる。感謝。
'Re: [Paraview] VTK XML Binary Output' - MARC
What they don’t tell you about VTK XML binary formats
VTK XML Formats - KitwarePublic

2016-01-27

netcdf-4.4.0のインストール(Ubuntu14.04)

ライブラリ

データ管理用フォーマットとして名高いnetcdfをインストールした。

ソースコードをダウンロードしてきて、

./configure --prefix=/home/hoge/netcdf-4.4.0
make
make install

で終了。なぜかhelpを見てもhdf5との依存関係の設定方法が書いてなかった。

後はc++のAPIでも落としてこようかなと思わなくもないが、とりあえずFFV-Cでnetcdfが使えるよう再設定を試みる。

2016-01-27

Paraviewによる成分からのベクトルの可視化

開発環境

ちょっと調べたらすぐ見つかったのでメモ。

成分からベクトル作成 - Mesh Wiki

便利な世の中ですね。これでFFV-Cはかなり使いこなせつつある。

2016-01-22

vmware-toolsとopen-vm-toolsの共依存関係：Ubuntu14.04の場合

開発環境

最近のVmwareにおいて、Linuxの仮想環境ではVmwareが提供するvmware-toolsではなく、Linux側が提供するopen-vm-toolsの使用を推奨しているはず。
ただし、open-vm-toolsのみをインストールしても共有フォルダが有効化できない。
vmhgfsが通常の設定では起動しないのが原因らしいが、これの対応はかなり面倒。

そういうわけでvmware-toolsを使い続けてきたが、最近Ubuntuのアップデートを行った結果、Ubuntuの画面の拡大ができなくなった。

vmware-toolsがちゃんと機能していないらしい。

仕方ないのでvmware-toolsとopen-vm-toolsを全て削除し、

最新版のvmware-toolsのインストール

open-vm-tools-desktopのインストール

の順にやった結果、画面の拡大、共有フォルダの有効化ともに正常に起動した。ものすごい不自然な設定で、完全に対処療法だけど、今使用しているPCはあと2か月程度しか使わない予定なのでもうこれで通す。

2016-01-20

Sublime text 3のインストール(ubuntu14.04, Windows8.1)

開発環境

vimにそろそろ限界を感じてきたので、Sublime text3に変更を試みた。
vimに特に大きな不満があるわけでないし、サーバでの作業も簡単にできる点で非常にありがたいけど、
だからといってvimの変態的なカスタマイズを突き詰めるよりは、もっとモダンなエディタで自動プラグインによる管理のほうが効率的だろうと判断した。

インストールしたsublimeに対して行った設定を列挙する。

Package Controlのインストール

view-show consoleを選択
Installation - Package Control
の中のpythonコマンドを全てコンソールに打ち込む。何度か再起動を求められるので、そのたびに同様の操作を繰り替えすといつの間にか入っている。
これでCtr+shift+pでパッケージのインストールが簡単にできるようになる。

テーマ

package installで早速theme flatlandを選択。

Preferences settings-Userを
{
"default_encording": "UTF-8",
"draw_white_space": "all",
"fallback_encording": "UTF-8",
"font_face": "Consolas",
"font_size": 12,
"highlight line": true,
"ignored_packages":
[
],
"line_padding_top": 3,
"show_encording": true,
"tab size": 4,
"theme": "Flatland Dark.sublime-theme",
"color_scheme": "Packages/Theme - Flatland/Flatland Monokai.tmTheme",
"translate_tabs_to_spaces": true,
"trim_trailing_white_space_on_save": true,
"vintage_ctrl_keys": true,
"vintage_start_in_command_mode": true,
"vintage_use_clipboard": true,
"word wrap": true
}
とする。
追記(20160121)：
こっちのほうが最新版で格好いいので変更した。
m.designbits.jp

ついでにPreferencesのKey Bindings-Userを
[
// タブの切り替え
{ "keys": ["g", "t"], "command": "next_view",
"context":
[{ "key": "setting.is_widget", "operand": false },
{ "key": "setting.command_mode" }
]
},
{ "keys": ["g", "T"], "command": "prev_view",
"context":
[
{ "key": "setting.is_widget", "operand": false },
{ "key": "setting.command_mode" }
]
},
// インサートモードから抜ける
{ "keys": ["ctrl+j"], "command": "exit_insert_mode",
"context":
[
{ "key": "setting.command_mode", "operand": false },
{ "key": "setting.is_widget", "operand": false }
]
},
{ "keys": ["j","j"], "command": "exit_insert_mode",
"context":
[
{ "key": "setting.command_mode", "operand": false },
{ "key": "setting.is_widget", "operand": false }
]
},
// ビジュアルモードから抜ける
{ "keys": ["ctrl+j"], "command": "exit_visual_mode",
"context":
[
{ "key": "setting.command_mode"},
{ "key": "num_selections", "operand": 1},
{ "key": "selection_empty", "operator": "equal", "operand": false, "match_all": false }
]
},
{ "keys": ["ctrl+shift+c"], "command": "clang_format" },
]
とする。

日本語を使用するため、下記に沿う作業を行う(Ubuntuのみ)。

Linux での日本語入力設定 [Sublime Text 3 の参考書（実践編）Wiki]

あとはひたすらプラグインを入れていく。

All Autocomplete
BracketHighter
C++ Snippets

Clang Format
Clang Formatの実行ファイルへパスを通す必要がある。
github.com

ConvertToUTF8
IMESupport
MinimalFortran
SideBarEnhancements
Smart Delete

この動作の前にCppcheckをインストールしておくこと。
SublimeLinter
SublimeLinter-cppcheck
windowsの場合はそれぞれ下記を参考に。
How to do it — C++ Starting Kit Project - Guide 0.0.1 documentation

SyncedSlideBar
Terminal
TrailingSpaces
preferences-package settings-trailing spaces-settings-Userを選択し、下記を記入
{
"trailing_spaces_regexp": "　|[ \t]+",
"trailing_spaces_highlight_color": "comment"
}

参考
Sublime Text 3でインストールしているプラグイン - プログラミングとかLinuxとかの備忘録
 【Sublime Text】愛好家必読！Vim化しよう - 悲しいけど、オレ素人プログラマなのよね

ubuntuとWindowsの同期を試みたが失敗した。まあ仕方ないか。