ubuntu14.04へのFFV-Cのインストール
ボクセルベースの流体解析は理研がもう十年くらい頑張って開発しており、その最新版がこれらしい。
FFV-C package by avr-aics-riken
なかなか便利そうだし、まだメンテナンスもされていそうなので、期待して使用を試みた。
前準備として、
sudo apt-get install autoconf
で、上のサイトからtarファイルを落として解凍する。
推奨としてはinstall_intel.shをそのまま実行すればよいらしいが、そうするとエラーが発生。
パスがおかしいみたいなので、中をみて、
FFV_HOME = ~/FFV
となっていたところを、自分のhome直下に書き換えて再実行。これでうまくいった。
...vsphereは何だったのかと言いたくなるくらい簡単。
dokuwikiをローカル環境で使用：特定のグループ内でのみ共有
様々な文書を全てwordで管理することに限界を感じ、
文書を一元管理できるwikiの構築を数か月前から検討していていた。
wordの数式はmath typeを導入したことによりlatex形式に変換できるため、
latexが使用できるwikiならば何の問題もないと考えた。
で、そのための要請として、
・サーバの構築は手間なのでそれは避けたい。金もかけたくない。
・特定のチーム内では共有できるようにしておきたい。
という題目そのままの2つが自分にあり、中々その二つを満たすものが見つからず困っていた。
で、最近の公私共々の忙しさに終わりが見えたこともあり、本気で検討した結果...
dokuwiki on a stick in Dropboxにより、wikiの基本的な部分が10分で構築終了。
dropboxでローカル環境のwikiが起動でき、dropboxのフォルダごと共有してしまえばチーム内での共有も可能。
（セキュリティの問題はさておき）
DokuWiki on a Stick in DropBox [splitbrain.org]
まじかよ。
近日中に設定をまとめつつ、本格的な運用を試みる。
Vmware Workstation 12 playerへのupgrade
自分が如何に情弱かということだが...
ずいぶん前からvmware playerの更新はストップし、vmware workstationに一本化されたらしい。
vmware workstationの無償版の形でplayerが存在するので、そちらにupgradeした。
まあ、使い心地は大して変わらない。
もっと恥ずかしいことを言うと、vmware-toolsもvmwareが提供するものでなく、
OSが提供するものが推奨版になったらしい。
これまで通りにvmware-toolsをインストールしようとすると、
そんな感じの警告文が出てきた。
ubuntuならば
sudo apt-get install open-vm-tools
でいいらしい。
やってみたら設定ファイルの扱いをどうするか聞かれた。
これまで通り使えないと困るし、全ての変更を拒否したら
処理中にエラーが発生しました
といってインストールが終了。
・・・面倒なので放置しておく。
ホストとファイル共有が出来ていればとりあえずは困らないし…
追記：
そう思っていたら困ったことになって数時間くらい無駄にした。
bigvalley.hatenablog.com
R studioを用いた箱ひげ線図の描画
ばらつきのあるデータの可視化技法として、箱ひげ線図は非常に魅力的なんだけども、
Excelでぱっと書けるかと言われるとそうでもない。
お手軽なのはR stduioであろう。忘備録としてコマンドとreferenceをまとめておく。
別にexcel等でまとめられたデータ群があるとして、それをコピペする。
//データの確保
x1=scan()
//データのコピペ
ctr+v
これをx1,x2,...に対して行う。面倒だったら全部選択してコピーして
X=read.delim("clipboard")
でもよい。
//箱ひげ線図の書き方
//boxplot(x1,x2,...)
デフォルトで表示されるのは四分位点でまとめたものらしい。wikipediaに書いてあるやつそのまま。
考案者はFFTの開発者らしい。意外。
これで正直十分だけど、まあ、y軸をいじりたければ
boxplot(x1,x2,...,ylim=c(min,max))
として明示すれば一発。
大概の用途だとこれでよいが、実際のデータを同時に記入したほうが
実際のばらつきが一目でわかるので直観的にわかりやすい。
これはRの標準装備だと難しいので、パッケージのインストールを行う。
R studio右下の枠にpackagesのコーナーがあるので、こちらを選択して、installをクリック。
インストールしたいライブラリ名としてbeeswarmと記入し、インストールする。
インストール後、consoleで
library(beeswarm)
とすればbeeswarm関数が使えるようになる。
beeswarm(list(x1,x2,...),add=TRUE)
と入力すると、箱ひげ線図に実際のデータの散布図がいい感じに書き込まれる。わかりやすい。
reference
ボックスプロット | Rのboxplot関数の使い方
ビースウォーム | ビースウォームはデータを実際の点として表現
色々と考えてみる: 文系のための「数の可視化」（７）
Para-view(or Visit)によるpolylineデータ可視化のためのXDMFファイル(.xmf)の作成(HDF5)
polylineデータ可視化のためのXDMFファイルを作成した。
以前紹介したサンプルデータよりもシンプルに書ける。vtkフォーマットと作成の労力は全く変わらないと思う。
下記では2点で構成されているline要素を4つ表示する。
<?xml version="1.0" ?> <!DOCTYPE Xdmf SYSTEM "Xdmf.dtd" []> <Xdmf Version="2.0"> <Domain> <Grid Name="Lines" Type="Uniform"> <Topology TopologyType="Polyline" NumberOfElements="4"> <DataItem Format="HDF" Dimensions="4 2"> test.h5:/element </DataItem> </Topology> <Geometry Type="XYZ"> <DataItem Format="HDF" Dimensions="5 3"> test.h5:/vertex </DataItem> </Geometry> </Grid> </Domain> </Xdmf>
xdmfファイルでは座標などのデータをxml上にべた書きするのではなく、hdf5ファイルなどの外部ファイルの設定が可能である。データの保存用にhdf5ファイルを使用し、可視化にあたりxdmfファイルを作成すれば、ほとんど手間をかけずに結果を確認することができる。もちろん以前のエントリであるようにattributeを設定すれば、スカラー、ベクトル、マトリクスの値を節点もしくは要素のそれぞれに無制限に設定することができる。
test.h5ファイル内のelementでは、各要素で使用している節点番号を下記のように記入している。
0 1
1 2
2 3
3 4
また、vertexでは、節点番号の順に節点の座標を記入している。
Text Parserのインストール
VCAD関連のソフトウェアの件でちょっとガッカリ感が否めなかった理研のフリーソフト群だが、面白そうなものを見つけた。
利用者向け公開ソフト | 理化学研究所 計算科学研究機構(AICS)
ちゃんと今年も保守作業をしている。これは期待できるか。地味に便利そうなText Parserの導入をまず検討してみたい。
これは数値計算の最初の条件設定のIO処理を簡易化してくれるものらしい。
たしかにXMLの読み込みをいちいちやるのは面倒だったし、どうしたものか考えあぐねていたのでちょうどよかった。
下記のGithubから取得できる。
Text Parser by avr-aics-riken
VCADシステムは登録制にもかかわらず、申請用フォームを送信しても登録用のメールがいつまでたっても届かない困った状態になっていたが、Githubで公開とは気が利いている。
インストールも簡単だし、exampleもすごく豊富にある。これはすぐに導入できそうな気がする…！
しかも紹介用スライドまで計算工学ナビにあった。
http://www.cenav.org/kdb/wp-content/uploads/2014/07/c9eb416eeba7f98ebc4f2b6c256e52fa.pdf
おみそれしました。
