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Para-view(or Visit)によるpolylineデータ可視化のためのXDMFファイル(.xmf)の作成(HDF5)

HDF5 ライブラリ XDMF

polylineデータ可視化のためのXDMFファイルを作成した。
以前紹介したサンプルデータよりもシンプルに書ける。vtkフォーマットと作成の労力は全く変わらないと思う。

下記では2点で構成されているline要素を4つ表示する。

<?xml version="1.0" ?>
<!DOCTYPE Xdmf SYSTEM "Xdmf.dtd" []>
<Xdmf Version="2.0">
<Domain>
	<Grid Name="Lines" Type="Uniform">

 	<Topology TopologyType="Polyline" NumberOfElements="4">
        		<DataItem Format="HDF" Dimensions="4 2">
         		test.h5:/element
	       		</DataItem>
  	</Topology>
    	<Geometry Type="XYZ">
        		<DataItem Format="HDF" Dimensions="5 3">
         		test.h5:/vertex
	       		</DataItem>
    	</Geometry>
	</Grid>
 </Domain>
</Xdmf>

xdmfファイルでは座標などのデータをxml上にべた書きするのではなく、hdf5ファイルなどの外部ファイルの設定が可能である。データの保存用にhdf5ファイルを使用し、可視化にあたりxdmfファイルを作成すれば、ほとんど手間をかけずに結果を確認することができる。もちろん以前のエントリであるようにattributeを設定すれば、スカラー、ベクトル、マトリクスの値を節点もしくは要素のそれぞれに無制限に設定することができる。

test.h5ファイル内のelementでは、各要素で使用している節点番号を下記のように記入している。
0 1
1 2
2 3
3 4

また、vertexでは、節点番号の順に節点の座標を記入している。