ディレクトリのtar.gzへの圧縮

表題について、重要だけど頻繁に忘れるのでメモ。tar -czvf hogehoge.tar.gz hogehoge以上。解凍は迷ったら-xfで何とかなる。ググったらわかるけど面倒なので。

openFOAMってそこまで便利か?

タダより高いものはない。非構造格子でのメッシュ作成を必要とする実用的な問題が解きたい場合、商用ソフトのほうが絶対に良い。使用するまでにかかる時間やメッシュ作成・修正の手間を考えると、ちょっと必要な時間のロスが大きすぎる。使い方を一通り覚え…

FunkySetFieldsによるcell zone全体への値の設定方法

openFOAMで使用するメッシュの一部をcell zoneとして陽に定義しておけば、後からcell zone内の変数の値を一括で変更することができる。 これはスカラーの移流拡散やVOFを用いた計算の初期値の設定の際などに応用がきく。ただ、この文法がいまいちよくわから…

Vsphere-1.7.8 (VCAD)のインストール

Vsphereと言えば、vmwareが出してるソフトウェアの一つだけれども、実は同名のソフトウェアを理研が公開している(要登録)。 VCAD システム研究プログラム純国産コードのみでのCAEの統合開発環境の構築を試みたVCADシステム、その中核を担うソフトウェアだ…

openmpi-1.10.1のインストール

openmpiの最新版が二日前にリリースされていたので、ローカル環境にインストールを行った。 tar.gzファイルを落として解凍し、 ./configure --prefix=$HOME/openmpi-1.10.1 make make install で終了。.bashrcに export PATH=$HOME/openmpi-1.10.1/bin:$PATH…

C++によるHDF5からの入力

日曜日の全てをかけてHDF5とXDMFの使い方を調べてきたが、これでやっと一段落だろうか。 C++によるHDF5からのデータの入力方法について、公式サイトのsampleがこちら。HDF5 C++ API: readdata.cppいろいろとsampleとしての処理を行っているためか、ぱっと見…

C++によるHDF5への出力

HDF5のC++での使い方は下記にまとめられている。 HDF5 C++ API: Main Page かなりわかりにくいけど、一応下記を見れば全てわかるのだろう、わかる人には。今の私には時間がかかりすぎるのでパス。 とにかく他のサンプルコードも見て、わかったこと。 HDF5へ…

XDMFによる時系列データの可視化

XDMFファイルでは時系列データの可視化手順について2つのオプションがある。1.VTK同様、XDMFを連番で出力する(ex. hogehoge_0000.xmf, hogehoge_0001.xmf...)2 一つのXDMFファイルにまとめる。 全ての時刻歴のデータを一つのXDMFファイルに書き込まないと…

Para-view(or Visit)による非構造格子の可視化のためのXDMFファイル(.xmf)の作成

任意の非構造格子の可視化ファイルを下記に示す。 [visit-users] using hdf5 files with visit (XDMF help) ここで提供されているサンプルのうち一つに変数を付け加えただけである。可視化に最低限必要な情報は節点数、要素数、節点座標、各要素が持つ節点の…

HDF5によるデータ管理およびXDMFの併用による可視化

ここを見ればだいたいわかると思うが、長いし読むのが面倒。 XDMF Model and Format - XdmfWeb だがかなり自由度が高いことはわかった。 arbitary unstructured meshとかもある。このへんvtkフォーマットより融通がきく。 hdf5との連携も含め、下記サイトに…

簡単なHDF5ファイルの作成(C/C++)と可視化(Para-view or Visit)

HDF5のサンプルコードを見つけた。 Using XDMF to read HDF5 - VisItusers.org 上では二次元構造要素のデータ(HDF5形式)と、XML形式で書かれたXDMFファイルを出力する。XDMFファイルにより、フリーの可視化ソフトであるpara-viewもしくはViSITでHDF5の中身…

HDF5のインストール手順(暫定版)

時系列データの管理手段として用いられるC++ライブラリであるHDF5の導入を検討してみた。 予想以上に面倒で驚く。ググると日本語のサイトも見つかるし、もっとパッケージ化されて簡単に使えるかと思いきや、そんなこともなかったらしい。ソースからコンパイ…

open-FOAM2.3.1へのswak4Foamのインストール(Ubuntu14.04)

ググれば一瞬でわかるとはいえ、環境が変わるたびに毎回検索するのが面倒になったのでまとめておく。 subversionのインストール sudo apt-get install svn インストールディレクトリの設定 mkdir $WM_PROJECT_USER_DIR/Libraries 移動 cd $WM_PROJECT_USER_D…

機械系エンジニアのための数値計算用ライブラリ考察(c++)

昨今の機械系エンジニアリングの舞台で、自分でわざわざコードを書くのは車輪の再開発で終わる事例が非常に多く、商用ソルバーを使用するほうがはるかに効率的である。 とはいえ予算の問題もある。数値計算手法や内部の物理は、自前でコードを書いて計算して…

AWSの設定の暫定まとめ

AWS

計算機を安価で貸し出してくれるAWSのサービスについて、 操作方法を別途ググって調べることに面倒を覚えたので、 自分が今後も使用すると思われる内容、およびウェブサイトのリンクを 順次まとめておく。 ・コマンドラインからの接続 毎回コマンドを打つの…

プログラミング言語RおよびR studioの使用

種々の統計解析について、特に医学系ではRの使用が 完全にスタンダードとなりつつある。試しに少しだけ触ってみた…が、 正直なところ言語としての簡便さや使い勝手はpythonに劣る。 vimやemacsなどの単純なエディタでプログラミングを行う上では、 特に大き…

Latexのエディタ(備忘録)

そこそこ書きかけの論文で、あとちょっとで共著の先生方に見せられそうだし、 ここらで目標のジャーナルの投稿規程でも確認してフォーマット直すかなーと思い、 確認してみたらまさかのWordじゃなくてLatex推奨になっていた件。 一応WordでもAcceptedって書…

続・wordで数式 決定版

いつまでたっても、Latex使わずにwordで頑張って数式書いてます。 ただ、数式の数が100を超えるとかなりファイルが重くなり、メモリ16GBのPCでもフリーズすることがしばしば。もう使ってられないので最後の手段に出ました。 課金しました。 Design Science: …

glfw3インストールとコンパイル(Ubuntu14.04)

ググった限り、OpenGLを使用する際の決定版となるライブラリはglutからglfwに変わったらしい。使ってみたい。 環境設定として、ubuntu14.04にインストールしてサンプルコードをコンパイルするところまで行う。サンプルのコンパイルにはcmakeを使ったほうが長…

Vascular Modeling ToolKit (VMTK)

医用画像からの血管形状の三次元構築に特化した?オープンソースのライブラリでVascular modeling Toolkit http://www.vmtk.org/ なるものがあるのですが、日本語でこれに言及したblog等々をほとんど見ないのが不思議なところです。論文とかを見る限り、この…

Ubuntu14.04へのCPD(Coherent Point Drift)ライブラリのインストール

こちらの仕事でComputer visionやらパターン認識の世界でおなじみのPoint set registration - Wikipedia, the free encyclopedia、特に非剛体レジストレーションを取得する必要に迫られていますが、なかなか良い教科書が見つからず困っているところです。 二…

本ブログのモチベーション:数式に飢えた

わたくしごくごく普通の工学(機械)系の院生ですが、何の因果か、海外の専門外の部局で数か月くらい働くことになりました。ていうか現在進行形です。ありがたいことですね。 やってることは楽しいので問題ないのですが、これまでやってた数式に触れる機会が…

FEMの構造解析の日本語の教科書が見つからない件

タイトルの通りなんですけど、ほとんど見つかりません。 いや、そういう名前の本はたくさんあるけど、実際にコーディングする人間を対象にしているものがほぼ無い状況。これ地味に危機的状況では…なんていうか教育的に…。まず、たいていの初心者向けの本だと…

流体解析(2)

一致解法としては、PSPG法とか、ほぼ同じだけどLeast-square法とかがありますが、まともにそれらが書いてある教科書は続・有限要素法による流れのシミュレーション作者: 日本計算工学会流れの有限要素法研究委員会出版社/メーカー: シュプリンガージャパン発…

流体解析(1)

移流拡散が簡単だったので、流体計算をやってみようと考えました。 これがかなりめんどくさかった…。現実問題の流体なんて、ロケットの噴射口とか音速以上の場合以外はたいてい非圧縮性なので、非圧縮性流体解析を実装しようと考えました。 連続の式を満たす…

非定常ラプラス方程式

fem

やっぱ定常ってなんか見た目に地味ってことで、非定常にしてみました。 拡散方程式チックに、係数もつけてみました。 定常と同じように重み付け残差法で弱形式化した後、ガラーキン法で離散化します。がりがり書いて行けば の形まで持っていけるはず(行列が…

定常ラプラス方程式

fem

定常のラプラス方程式は、任意の関数について、ラプラシアンをかけて なだけ。femの最初の練習には一番ちょうどいい課題ですね。重み付け残差法さえ理解すれば終わりです。このへんはちゃんと教科書に書いてあるからいい加減に書きます。 重み関数をかけて積…

移流拡散方程式

fem

ラプラス方程式がとてもお手軽だったので、調子にのって移流拡散方程式を解いてみます。式は ですね。大気中とか海中の放射能汚染シミュレータとかも原理はこれなんだろうか?大気中に放射能が流れに運ばれながら拡散していくので、たぶんこれかな。これまで…

Reference

fem

有限要素法関連で参考にしたものをその都度更新していきます。 有限要素法ってもともと構造解析のための手法だけど、今回は敢えて流体解析からやってみることにしました。今思うとこれが本当に正解でした…。流れ解析のための有限要素法入門作者: 中山司出版…

word2010での数式および数式番号設定手順

結局課金したが後悔はしていない。 続・wordで数式 決定版 - 明後日の方向にただ全力以降過去のエントリ - femに用いる式の離散化をひたすらガリガリやってると、勉強開始10日でA4のノートの半分以上が数式で埋まってしまい、そろそろちゃんときれいにまとめ…