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FXgenのインストール(Ubuntu16.04 64bit)

理研のソフトウェアFXgenをUbuntuにインストールした。 とはいえ、すでに実行ファイルが配布されているので特に難しくはない。2つほど動的ライブラリが見つからないと怒られたので、下記で対応した。cd /usr/lib/x86_64-linux-gnu/ sudo ln -s ./libnotify.s…

静的ライブラリのコンパイルエラーの一例

(自分の中では)大規模な数値解析用プログラムを作成しており、静的ライブラリを複数作ってコンパイルする必要にかられている。 下記のリンクの問題を知らず、数時間ずっと悩んでいた。リンクの順番にも依存関係あるのね。静的ライブラリのリンク時にundefi…

gitのcommitエディタをvimに変更

情けないことにこれを調べずいつも戸惑っていた。 hikm.hatenablog.com 忘れないようリンク残します。

CentOS5.4 or 5.7へのgcc-4.8をインストール

やむを得ない事情で2016年現在でもcentOS5を使用しないといけない場合、 gccのバージョンが古すぎるためにコードのコンパイルができなかったり、 ソフトウェアのインストールができなかったりということが多々ある。 対応方法だが、下記のサイトに従うことで…

C++からfortran呼び出し方法 

爆速かつ可読性のよいコード作成のため、表題の内容に手を出した。自分の専門性を見失っている気がする。 基本的には下記を参考にすればよい。 kazuki-nagasawa.hatenablog.comで、C++の場合は、プロトタイプ宣言を下記のようにCでexternしてやる必要がある…

"Vmware上"のUbuntu14.04へのopenmpi-1.10.2のインストール

こんなもん、普通にソースコード落としてきて、解凍→./configure→make→make installで終わりだろうと思っていた時代が…僕にもありました…。 Vmware上で作業するときは、解凍場所をWindowsとの共有フォルダにしていたらシンボリックリンクが張れないのですね……

Sublime text3でLatex

今時Latexかよ、wordでいいじゃんと、言いたい奴には言わせておけばよい。 数理系ではまだまだ現役だし、適切なテンプレートがあれば入力は非常にはかどる。とはいえ、以前のエントリでも記入した通り、作業環境の構築が地味にめんどい。 どーしたものかと悩…

Paraviewによる成分からのベクトルの可視化

ちょっと調べたらすぐ見つかったのでメモ。成分からベクトル作成 - Mesh Wiki便利な世の中ですね。これでFFV-Cはかなり使いこなせつつある。

vmware-toolsとopen-vm-toolsの共依存関係:Ubuntu14.04の場合

最近のVmwareにおいて、Linuxの仮想環境ではVmwareが提供するvmware-toolsではなく、Linux側が提供するopen-vm-toolsの使用を推奨しているはず。 ただし、open-vm-toolsのみをインストールしても共有フォルダが有効化できない。 vmhgfsが通常の設定では起動…

Sublime text 3のインストール(ubuntu14.04, Windows8.1)

vimにそろそろ限界を感じてきたので、Sublime text3に変更を試みた。 vimに特に大きな不満があるわけでないし、サーバでの作業も簡単にできる点で非常にありがたいけど、 だからといってvimの変態的なカスタマイズを突き詰めるよりは、もっとモダンなエディ…

Text Parserのインストール

VCAD関連のソフトウェアの件でちょっとガッカリ感が否めなかった理研のフリーソフト群だが、面白そうなものを見つけた。 利用者向け公開ソフト | 理化学研究所 計算科学研究機構(AICS)ちゃんと今年も保守作業をしている。これは期待できるか。地味に便利そう…

FileZillaでの同時並列転送処理

恥ずかしながら、知らなかった…。FileZillaにてファイル転送を高速にする方法 | バシャログ。 | 横浜でWeb制作を行うシーブレインスタッフによる技術情報ブログしかし同時にこんな処理やると、それぞれのファイルの転送効率が落ちるのでは…?

ディレクトリのtar.gzへの圧縮

表題について、重要だけど頻繁に忘れるのでメモ。tar -czvf hogehoge.tar.gz hogehoge以上。解凍は迷ったら-xfで何とかなる。ググったらわかるけど面倒なので。

Vsphere-1.7.8 (VCAD)のインストール

Vsphereと言えば、vmwareが出してるソフトウェアの一つだけれども、実は同名のソフトウェアを理研が公開している(要登録)。 VCAD システム研究プログラム純国産コードのみでのCAEの統合開発環境の構築を試みたVCADシステム、その中核を担うソフトウェアだ…

openmpi-1.10.1のインストール

openmpiの最新版が二日前にリリースされていたので、ローカル環境にインストールを行った。 tar.gzファイルを落として解凍し、 ./configure --prefix=$HOME/openmpi-1.10.1 make make install で終了。.bashrcに export PATH=$HOME/openmpi-1.10.1/bin:$PATH…

Para-view(or Visit)による非構造格子の可視化のためのXDMFファイル(.xmf)の作成

任意の非構造格子の可視化ファイルを下記に示す。 [visit-users] using hdf5 files with visit (XDMF help) ここで提供されているサンプルのうち一つに変数を付け加えただけである。可視化に最低限必要な情報は節点数、要素数、節点座標、各要素が持つ節点の…

HDF5によるデータ管理およびXDMFの併用による可視化

ここを見ればだいたいわかると思うが、長いし読むのが面倒。 XDMF Model and Format - XdmfWeb だがかなり自由度が高いことはわかった。 arbitary unstructured meshとかもある。このへんvtkフォーマットより融通がきく。 hdf5との連携も含め、下記サイトに…

簡単なHDF5ファイルの作成(C/C++)と可視化(Para-view or Visit)

HDF5のサンプルコードを見つけた。 Using XDMF to read HDF5 - VisItusers.org 上では二次元構造要素のデータ(HDF5形式)と、XML形式で書かれたXDMFファイルを出力する。XDMFファイルにより、フリーの可視化ソフトであるpara-viewもしくはViSITでHDF5の中身…

HDF5のインストール手順(暫定版)

時系列データの管理手段として用いられるC++ライブラリであるHDF5の導入を検討してみた。 予想以上に面倒で驚く。ググると日本語のサイトも見つかるし、もっとパッケージ化されて簡単に使えるかと思いきや、そんなこともなかったらしい。ソースからコンパイ…

プログラミング言語RおよびR studioの使用

種々の統計解析について、特に医学系ではRの使用が 完全にスタンダードとなりつつある。試しに少しだけ触ってみた…が、 正直なところ言語としての簡便さや使い勝手はpythonに劣る。 vimやemacsなどの単純なエディタでプログラミングを行う上では、 特に大き…

Latexのエディタ(備忘録)

そこそこ書きかけの論文で、あとちょっとで共著の先生方に見せられそうだし、 ここらで目標のジャーナルの投稿規程でも確認してフォーマット直すかなーと思い、 確認してみたらまさかのWordじゃなくてLatex推奨になっていた件。 一応WordでもAcceptedって書…

word2010での数式および数式番号設定手順

結局課金したが後悔はしていない。 続・wordで数式 決定版 - 明後日の方向にただ全力以降過去のエントリ - femに用いる式の離散化をひたすらガリガリやってると、勉強開始10日でA4のノートの半分以上が数式で埋まってしまい、そろそろちゃんときれいにまとめ…