静的ライブラリのコンパイルエラーの一例

開発環境 雑記

（自分の中では）大規模な数値解析用プログラムを作成しており、静的ライブラリを複数作ってコンパイルする必要にかられている。
下記のリンクの問題を知らず、数時間ずっと悩んでいた。リンクの順番にも依存関係あるのね。

静的ライブラリのリンク時にundefined referenceエラーが出る(gcc)

知識がいい加減すぎるので、ちゃんと下記を読んで学ぶ次第。

GNU Make 第3版

GNU Make 第3版

Rでよく使うfunctionまとめ

R studio

よく忘れるので、完全に自分のためのメモを作成する。

クリップボードからデータのコピー

x=read.delim("clipboard")

散布図のプロット

plot(x,xlim=c(),ylim=c(),col="black",pch=2)

ピアソンの相関係数の計算

cor.test(x$dataname,x$dataname2,method="p")

回帰直線の計算

lm1<-lm(dataname2~datanamae1,data=x)

直交多項式（二次）

lm1<-lm(dataname2~poly(datanamae1,degree=2),data=x)

回帰線の描画をしたい場合

predict.c<-predict(lm1)
plot(X,predict.c,type="l")

回帰直線の作画

abline(lm1,lwd=1,col="blue")

図の上書き

par(new=T)

dataの全要素をcontensについて昇順に入れ替え

data2<-data[order(data$contents),]

CentOS5.4 or 5.7へのgcc-4.8をインストール

開発環境 ライブラリ

やむを得ない事情で2016年現在でもcentOS5を使用しないといけない場合、
gccのバージョンが古すぎるためにコードのコンパイルができなかったり、
ソフトウェアのインストールができなかったりということが多々ある。


対応方法だが、下記のサイトに従うことで簡単にインストールできた。
www.task-notes.com

devtoolset-3はエラーが出たため諦めたが、devtoolset-2については問題ない。
なお、上記サイトの最後に/etc/profile.d内に作成するファイル名は、
devtools.shとしてshell scriptであることを明示しないと自分の環境では動作しなかった。

とにかくこれでc++11が好き放題使用できる。

C++からfortran呼び出し方法　

開発環境 雑記

爆速かつ可読性のよいコード作成のため、表題の内容に手を出した。自分の専門性を見失っている気がする。


基本的には下記を参考にすればよい。
kazuki-nagasawa.hatenablog.com

で、C++の場合は、プロトタイプ宣言を下記のようにCでexternしてやる必要がある。
extern "C"{
extern void add_array_( int*, int * );
extern void multiple_matrix_( double *, int *, int * );
};
また、コンパイルのリンクに-lstdc++を設定する。これだけで使用可能。

配列は次元に関わらず先頭のアドレスを渡す。また、定数であっても必ずアドレス渡しを設定すること。

もちろん動的配列も上記同様で、vector型ならば&v[0]、boost/multiarray型ならばv.origin()でよい。

なお、Cとfortranでは配列のアドレスのとり方が違うので、そこは注意がいる。
d.hatena.ne.jp


行優先か、列優先かは面倒なところだが、それ以外は相当簡単。

paraviewによる並列計算結果の一括可視化フォーマット

ライブラリ

しばらく前から探していた、並列計算結果のparaviewでの出力フォーマットを発見した。
これを以前のhdf5と組み合わせれば、たいていの結果の可視化には耐えうるのでは。


Generating vtu and pvtu files -- CFD Online Discussion Forums